2030年，集合在神秘侦探明智小五郎手下的“少年侦探团eee。他们以天赋的行动力，将大大小小的事件逐一解决。某天，成员花崎健介遇到了神秘的少年小林芳雄。由于“正体不明的烟雾”而变成“无法死去”之身的小林，期盼着自身的死，拒绝与他人的接触。小林与花崎的相遇，终将与世纪的犯罪者怪人二十面相和明智小五郎的因缘相互交错，并推动两人的命运。